CANNERO compare per la prima volta in un documento di cessione di immobili nel 985. Ma l'indipendenza comunale arriva nel XIV secolo. Nel 1524 gli Sforza distruggono il paese in quanto territorio fedele ai Visconti. Una storia a parte hanno i castelli che sono posti sulle piccole isole. Il castello detto MalpagaI, fu rifugio del fratelli Mazzarditi e espugnata da Filippo Maria Visconti. L'altra fortezza detta Vitaliana è del XVI secolo ed è pertinenza dei Borromeo. Vennero poi entrambi abbandonati e vista anche l'invitante posizione vennero utilizzati quale rifugio per banditi e falsari, e successivamente nuovamente utilizzati dai Borromeo come agrumeto e conigliera.
Scelsero quale propria residenza Cannero Massimo D'Azeglio e Laura Solera Mantegazza le cui abitazioni si possono ammirare ancora oggi.
Presenti sul territorio ci sono alcuni tratti delle "linee Cadorna" complesso difensivo voluto dal generale Luigi Cadorna nel 1916 e mai utilizzato che doveva difendere l'Italia da una ipotetica invasione tedesca attraverso la Svizzera, uno dei tanti "granchi" del generale di Caporetto.